A Szövetségi Tanács a MOTESZ legfelsőbb testülete. A MOTESZ tagegyesületeinek alapszabályszerűen megválasztott elnökeiből és a Szövetség vezető tisztségviselőiből áll.

Hatáskörébe tartozik valamennyi, a Szövetség céljainak megvalósításához szükséges döntés. Dönt mindazon ügyekben, amelyeket a hatályos jogszabályok és a MOTESZ alapszabálya a hatáskörébe utal, valamint amelyekben a döntés jogát magának tartja fenn. (A Szövetségi Tanács hatásköréről bővebben az Alapszabályban olvashat.)

A Szövetségi Tanács szükség szerint, de évente legalább négy alkalommal ülésezik, 30 napon belüli összehívása az Elnök feladata, ha a Felügyelő Bizottság az ok és cél megjelölésével az ülést kezdeményezi.

A Szövetségi Tanács üléseinek presztízsét mutatja, hogy a szakminisztérium magasrangú vezetői is képviseltetik magukat rajta.